En 1872 mientras Santiago era asolado por la epidemia de viruela se gesto la construcción de dos hospitales, San Vicente de Paúl y el Salvador, la congregación de las Hermanas de la Caridad se hizo cargo del Hospital San Vicente de Paúl y de la capilla aledaña. Fue en 1952 se aprobó la construcción del edificio de la facultad de medicina con esto el Hospital San Vicente de Paúl
Fue demolido sobreviviendo solamente su capilla y un pabellón de cirugía. Posteriormente fue declarada Monumento Histórico Nacional, por el Decreto Supremo Nº 73, el 12 de enero de 1981. Recientemente fue remodelada.
La capilla se destacaba como el elemento central y ordenador del recinto hospitalario. Se levanta sobre una planta de cruz latina (el pie mayor que el resto de los brazos). Sus brazos laterales, que
Nacen cerca del centro de la nave central, se prolongan al norte y al sur con recintos adosados, lo que da al volumen exterior del edificio, la apariencia de una cruz griega (todos los brazos del mismo tamaño). Su torre cuadrada, de herencia italiana, enmarcada por pilastras hasta la cubierta, los contrafuertes de escasa proyección que modulan las fachadas, los vanos de medio punto y la franja decorativa de pequeños arcos tapados que corre debajo de la cornisa superior, rodeando el edificio, acercan esta capilla al estilo romántico. Actualmente, la capilla es de propiedad de la Universidad de Chile, junto con todo el complejo hospitalario del José Joaquín Aguirre. Eclesiásticamente, por otra parte, pertenece al territorio de la Parroquia de La Estampa, del Arzobispado de Santiago.
